Аметист представляет собой фиолетовую разность кварца гидротермального происхождения, встречающуюся в магматических, метаморфических и осадочных породах.

Минерал образуется из насыщенного кремнеземом раствора с содержанием трехвалентного железа под влиянием радиации. Исходный гидротермальный раствор поднимается из недр к поверхности под воздействием давления по полостям и трещинам и превращается в кремнезем, насыщаясь кислородом. Раствор может поступать всей массой либо постепенно. Во втором случае происходит полосчатый, послойный рост кристаллов. Радиоактивные изотопы, такие как торий 232, калий 40, уран 238, радий 226, придают минералу фиолетовую окраску.